Selon une ancienne tradition, le personnage dont la mosquée porte aujourd’hui le nom, Moulay el-Mekki, s’est installé à Rabat après avoir quitté sa famille – celle des Chorfa d’Ouezzane – à la suite d’un conflit avec ses frères. Si l’on en croit aussi cette tradition, Moulay el Mekki soigna un riche commerçant d’origine andalouse, d’une maladie incurable qui, en reconnaissance, lui donna sa maison. Celle-ci était voisine d’un petit sanctuaire où Moulay el Mekki allait habituellement prier et où il fut inhumé à sa mort, survenue en 1731. Cet oratoire qui dès lors porta son nom, servit par la suite de zaouïa à la confrérie des Touhamiyin et devint mosquée à prône en 1907.