Il fut décidé en 1930 de transférer les objets de Volubilis à Rabat, afin de créer un musée archéologique de grande envergure en plein centre de la capitale. Les salles d’expositions furent construites autour du bâtiment administratif, et le musée pris sa forme architecturale définitive en 1952, avec l’achèvement de la grande salle ovale (salle des bronzes).

En 2014, le Musée national d’archéologie de Rabat, comme 13 autres musées marocains, est confié à la Fondation nationale des musées. Il est alors décidé de rénover le bâtiment, de réorganiser légèrement l’exposition permanente, et de rouvrir le musée en avril 2017 sous le nom de « Musée de l’histoire et des civilisations ».