Avec les Almohades (XIIème siècle) le site de Rabat connaîtra le début d’un parcours historique continu et extraordinaire, fait de rayonnement et d’activité. Rabat connut toutefois une ère de déclin à partir de 1253, à l’avènement de la dynastie des Almoravides, qui choisirent la ville de Fès comme capitale de leur empire.
Mais c’est l’arrivée massive à partir de 1609 des Morisques d’Andalousie expulsés d’Espagne lors de la Reconquista, qui donna un regain de vie à Rabat. Les nouveaux venus occupèrent l’emplacement de l’actuelle Médina qu’ils dotèrent d’une enceinte qu’on appellera désormais «Muraille Andalouse» et qui prit le nom de Sala (Salé) la neuve. .
En 1912, Rabat deviendra la capitale du Royaume du Maroc. Le Maréchal Lyautey, premier résident général, en fera la capitale administrative et politique du royaume. Avec son architecte-urbaniste Henri Prost, ils réalisèrent la majeure partie de la ville nouvelle à l’intérieur et à l’extérieur de l’enceinte de Yacoub El-Mansour, dans la continuité de la Médina.