في سنة 1930 تقرر نقل محتويات متحف مدينة وليلي إلى مدينة الرباط، وذلك بعد  إحداث متحف أثري هام في وسط العاصمة، وقد شيدت قاعات العرض بجانب بناية إدارية، ليأخذ بعد ذلك المتحف شكله النهائي سنة 1952، بعد أن تم الانتهاء من بناء القاعة الكبرى البيضاوية الشكل (قاعة البرونز).

وفي سنة 2014، تولت المؤسسة الوطنية للمتاحف إدارة المتحف الوطني للآثار، وذلك على غرار ما تم بالنسبة لمتاحف المغرب البالغ عددهم 13 متحفا، فتقرر تجديد البناية وإعادة النظر جزئيا في العرض الدائم لمواده، وكذا إعادة فتح  المتحف في شهر أبريل 2017، تحت مسمى متحف” التاريخ والحضارات”.